در آن زمان، هنرستان موسیقی ده نفر از موسیقیدانان را از چکسلواکی برای آموزش به هنر آموزان هنرستان استخدام کرده بود که مرتضی حنانه آموختن هورن را زیر نظر رودولف اوربانتس آغاز نمود. وی بعدها به عنوان نوازنده هورن اول ارکستر سمفونیک تهران شناخته شد.
پس از فارغ‌التحصیلی در انستیتوی موسیقی واتیکان در سال ۱۳۴۰به ایران بازگشت. او از آن پس در ایران به عنوان پرکارترین موسیقیدان پیشرو به شمار رفت. حنانه در سال ۱۳۴۱توانست ارکستر بزرگ تازه‌ای را به نام فارابی بنیاد کند و آفریده‌های خود و دیگران را به اجرا درآورد. ارکستر فارابی در طول ۷سال زندگی خود، نزدیک به ۸۰قطعه از آفریده‌های آهنگسازان ایرانی را به پای اجرا و ضبط در رادیو رسانید.
در سال ۱۳۴۲علاوه بر تدریس سازبندی (ارکستراسیون) و اداره کلاس هورن در هنرستان عالی موسیقی، به عضویت شورای عالی موسیقی رادیو ایران در آمد و در همین زمان بود که ارکستر سمفونیک رادیو ایران را به نام ارکستر فارابی پایه‌گذاری کرد. این ارکستر توانست آثار آهنگسازان ایران را مانند خود مرتضی حنانه، صدیقه شهنیا، فریدون ناصری، فریدون فرزانه، مصطفی کسروی و سیروس شهردار را اجرا و ضبط نماید.
در سال‌های ۱۳۴۸و ۱۳۴۹وی سرپرستی و اجرای سلسله برنامه‌های آموزشی موسیقی ایرانی در تلویزیون را تحت عنوان «شناسایی موسیقی اصیل ایرانی» به همراه فرهنگ شریف، مرتضی نی داوود و حسین قوامی به عهده گرفت.
حنانه در سال ۱۳۴۵از طرف رادیوی ایران و بنا به دعوت یونسکو به «تریبون انترناسیونال آهنگسازان رادیو و تلویزیون» اعزام شد و در آنجا قطعاتی از «ارتوریو» اثر خود را اجرا کرد که از رادیوی ایرلند و سوئیس پخش شد. پس از افتتاح سازمان رادیو تلویزیون ملی ایران حنانه در سمت مشاور سرپرستی اقدام به تأسیس کلاس‌هایی برای تعلیم فنی خوانندگان نمود و ارکستر سازهای ایرانی را تشکیل داد.
مرتضی حنانه روز سه شنبه، ۲۴مهر ۱۳۶۸، پس از گذراندن بیماری سرطان، چشم از جهان فرو بست. ایشان همیشه آرزو داشتند در کنار حکیم بزرگ ایران زمین ابن سینا و در همدان به خاک سپرده شوند که این خواسته او امکان‌پذیر نشد و وی در جوار امامزاده طاهر (کرج) به خاک سپرده شد.
نگرش به موسیقی
بزرگترین مشغله ذهنی مرتضی حنانه چند صدایی کردن موسیقی ایران بود. روز و شب در این فکر بود که برای آهنگسازی از موسیقی ایران باید آن را چند صدایی کرد.کوشش‌های حنانه در این مورد او را به ابتکار هارمونی زوج رسانید که سال‌ها برای آن زحمت کشید و خود آن را به کار بست؛ ولی هارمونی زوج مورد موافقت همه موسیقیدانان قرار نگرفت.
